Skull Cross (Ossos Cruzados) é o nome de uma famosa gangue de Metro City que sempre esteve em segundo plano na cena criminosa da cidade, porém, um dia isso mudou. Quando Haggar, Guy e Cody acabaram com o núcleo da Mad Gear em Metro City, e depois com Maki e Carlos ajudando o prefeito a acabar com os tentáculos da gangue ao redor do mundo, a Mad Gear estava oficialmente acabada e o vácuo de poder gerou uma grande guerra de gangues na cidade.

Gangues como os Sliders, os Wolves e a Skull Cross, entre muitas outras, expandiram seus territórios e tentaram a todo custo se tornar a facção mais poderosa da cidade mais violenta dos EUA. A Skull fez diferente, seu líder Marshall Black começou a investir em negócios e empreendimentos que operam sob o nome “Sims” na cidade. Isso inclui o Sims Club — a famosa casa noturna de bairro administrada por Callman —, a S.S. Sims (embarcação fretada por Drake) e a Sims Inc., que opera tanto uma fábrica secreta de armas para o mercado negro — disfarçada de parque industrial abandonado com acesso pelos esgotos — quanto uma sede corporativa situada em um arranha-céu de destaque na região nobre de Metro City. Assim, a Skull Cross conseguiu ao longo do tempo subjugar os principais grupos rivais, acabando com a guerra de gangues e dominando a cidade. Sacando o que estaca acontecendo, Lucia Morgan, chefe da Unidade de Crimes Especiais, conseguiu prender Marshall por corrupção e lavagem de dinheiro. Mal sabia ela que estava acendendo um barril de pólvora…

A Skull Cross foi com tudo pra cima, criando caos na cidade e explodindo uma bomba na delegacia onde Marshall estava preso, fazendo com que Lúcia precisasse rapidamente ir até o prefeito Mike Haggar para pedir sua ajuda, à qual ele atendeu de bom grado, pois queria descobrir o que exatamente estava acontecendo no momento. Guy, que estava visitando Haggar no momento do incidente, também concordou em ajudar seu velho amigo. Antes do incidente em si, a gangue Skull Cross tentou recrutar um lutador de rua local chamado Dean, mas quando ele se recusou a se juntar a eles, eles retaliaram violentamente, assassinando sua própria família como um ato cruel de punição maliciosa contra ele. Como resultado disso, Dean prometeu vingar a morte de sua família através da destruição completa de Skull Cross e que o próprio Dean logo se juntou a Haggar, Guy e Lucia, querendo ajudá-los em sua nova e perigosa missão.

De lá, o quarteto formado por Haggar, Guy, Lucia e Dean foi até a delegacia, apenas para encontrá-la reduzida a escombros. Eles lutaram contra alguns membros da gangue lá, eventualmente conhecendo Dave, um policial corrupto que serviu como agente duplo para Skull Cross (muito parecido com seu antecessor Edi. E, que serviu como agente duplo para Mad Gear). Eles o derrotaram e seguiram em frente enquanto a gangue Skull Cross inesperadamente iniciava tumultos por toda a cidade, usando o caos como cortina de fumaça para libertar seu líder, Black, da prisão. Os heróis então se dirigiram a um bar para deter a Gangue Skull Cross, onde foram atacados por Callman, outro membro da Skull Cross.

Depois de derrotá-lo, eles perseguiram a gangue até o pátio de trens e lutaram contra Caine, o mecânico da gangue.

Em seguida, eles embarcaram em um navio chamado S.S. Sims e derrotaram os membros da gangue e Drake, o capitão do navio que contrabandeava armas para Skull Cross.

Quando chegaram ao cais, um membro de uma gangue chamado Bull tentou empurrá-los para a água com uma escavadeira, mas conseguiram detê-lo no último segundo.

Depois de passar por um restaurante chinês local, de propriedade de Wong, um grande chef sino-americano que contrabandeava alimentos e recursos para a gangue Skull Cross, a próxima parada dos heróis foi uma fábrica, onde a gangue provavelmente fabricava armas que eles poderiam usar para dominar a cidade. O quarteto foi então atacado por vários membros de gangue e por Stray, o assassino da família de Dean, mas Dean matou Stray após uma luta dura e intensa, finalmente vingando sua família.

A trilha da gangue Skull Cross logo levou os heróis a um dos edifícios mais altos de Metro City, que serviu como quartel-general da gangue. A partir daí, o quarteto lutou e lutou para passar por legiões de bandidos para finalmente chegar ao telhado do prédio, onde um helicóptero logo pousou sobre ele e o próprio Black saltou rapidamente do helicóptero para lutar e batalhar contra eles assim que os avistasse. Depois de uma longa e difícil batalha, Black foi jogado de volta em um transformador de alta tensão, eletrocutando-o até a morte e encerrando os planos malignos da Gangue Skull Cross de assumir o controle de Metro City.

Membros da Gangue

Capangas

G  e Johnny – os membros de classificação mais baixa da Gangue Skull Cross.

Billy e Ray – um pouco mais fortes que G e Johnny, ainda são membros de baixo escalão da gangue Skull Cross.

Dirk e Rick – bandidos relativamente fracos (mas mais fortes que os anteriores) que lutam com garras de metal.

Arby e Fat Jack – bandidos grandes e gordos que trabalham diretamente para Callman, um dos chefes da Skull.

Hunter – um bandido alto que usa uma máscara de hóquei e um boné de beisebol. Ele é o bandido do meio, nem tão fraco quanto os anteriores, nem tão fortes quanto os chefes.

Joe – um bandido baixo e magro que usa máscara de gás.

Fritz – um bandido que entra correndo e atira granadas de mão.

May – a única bandida. Luta com chutes e braçadeiras.

Andore – a família Andore retorna mais uma vez, servindo como a potência da gangue Skull Cross. Esta foi a última gangue para a qual Hugo trabalhou antes de virar a página.

Chefes

Dave – um policial corrupto que trabalha para a gangue Skull Cross. Parece um pouco com o Edi. E de Final Fight.

Callman – o segurança-chefe e dono de um clube afiliado à gangue localizada nas ruelas de Metro City. Também pode ser encontrado na rua.

Caine – um mecânico anti-social que trabalha para a Gangue Skull Cross. Lento e míope (míope), mas tem longo alcance com sua chave inglesa.

Drake – um pirata que trabalhou como marinheiro antes de ingressar na gangue Skull Cross. Usa uma âncora como arma.

Wong – um chef sino-americano que governa o submundo do crime em Chinatown. Parece um pouco com Won Won de Final Fight 2.

Stray – um lutador cruel que espera Haggar e seus amigos na fábrica. Muito ágil e usa nós dos dedos pontiagudos. Responsável pelo assassinato da família de Dean.

Marshall Black – o líder militarista da gangue Skull Cross e o chefe final do jogo. Luta com um chicote, atira facas e até dispara uma poderosa explosão de chama azul de curto alcance, semelhante à de Guy. Muito semelhante ao Rolento tanto no estilo visual quanto no estilo de luta.