“Há milênios, numa batalha com um deus decadente conhecido como Shinnok, fui responsável pela morte de uma civilização inteira. Para livrar todos os reinos da ameaça de Shinnok, entrei numa guerra que deixou a Terra por séculos sob uma terrível escuridão e bani o deus decadente, que foi amargar seu exílio em um lugar chamado Netherealm (Reino do Nada). Agora, depois da derrota de Shao Kahn pelas mãos dos guerreiros da Terra, Shinnok conseguiu escapar dos confins de Netherealm. A guerra está para começar novamente e, só desta vez, pode ser vencida pelos mortais.”
– Raiden, deus do trovão e protetor da Terra
Com o fim do reinado de Shao Kahn, derrotado pelos guerreiros terrenos, a Terra e o OutWorld voltaram ao normal. OutWorld voltou a ser o planeta cheio de vida, conhecido como Edênia. Shao Kahn havia aberto um portal que uniu os dois mundos. Johnny Cage, morto durante a invasão do Exército do Imperador, finalmente conseguiu paz no céu. A guerra abalou as estruturas do clã Lin Kuei, que foi dissolvido mais tarde. Sindel recuperou sua consciência e ocupa o trono de Edênia por direito. Formou-se na Terra uma agência para investigar o OutWorld, liderada por Jax e Sonya. Esta estava em missão para capturar Jarek, o último sobrevivente da organização criminosa Black Dragon (Dragão Negro), a que Kano e, provavelmente Kabal, pertenceram.
Shinnok e seu exército preparavam-se para entrar em confronto com os deuses supremos outra vez. Os generais da tropa eram Reiko e Reptile – banido para o Netherealm por ser responsável pelo
genocídio de várias raças. Quan Chi fez, então, uma proposta irrecusável a Scorpion: vida, em troca de sua participação na guerra celestial.
Tanya, filha do embaixador de Edênia em novos reinos, convidou refugiados de outros mundos para seu reino. Sindel recebeu bem os refugiados até descobrir que Shinnok estava entre eles com seu Exército das Trevas. Tanya, a traidora, havia aberto um portal para Netherealm. Quan Chi capturou Kitana, e Liu Kang prontamente seguiu para Edênia para salvá-la.
Quan Chi liderou o ataque do Exército das Trevas aos céus. Pensou-se que Reiko tivesse morrido, mas logo ele ressurgiu. Quando Raiden voltou para casa para comemorar a vitória sobre Shao Kahn, ele só achou os deuses sendo atacados. Agora ele é um dos únicos deuses da Terra.
Mas logo apareceu outro sobrevivente da batalha celestial: Fujin, deus do vento, que já foi um dos guardiões do amuleto sagrado. Liu Kang falhou em sua missão de salvar Kitana e voltou para casa, onde encontrou seu velho amigo e ex-membro da Sociedade Lótus Branco, Kai. Ele foi treinado pelos maiores mestres da Ásia. Olhando tudo dos céus, Johnny Cage pediu para ser ressuscitado e lutar pela Terra, no que foi prontamente atendido por Raiden. A tenente Sonya continuava sua perseguição a Jarek quando se deparou com uma batalha muito maior. Suas desavenças terminaram, por ora, para lutar contra as forças de Shinnok. Jax, que os acompanhava, entrou na briga.
O renegado Sub-Zero veste de novo o uniforme Lin Kuei, usado por seu irmão mais velho, o quinto Sub-Zero (conhecido como Sub-Zero Classic). Foi ele que derrotou Shinnok no Netherealm quando recuperou o amuleto sagrado e os segredos foram passados para o irmão mais novo. Segredos que contêm a chave para a destruição de Shinnok.
A guerra está para começar: de um lado, os defensores da Terra liderados por Raiden; do outro, o Exército das Trevas de Shinnok e Quan Chi. O destino da humanidade está em suas mãos. Não permita a vitória das forças da escuridão!
Adaptação de Mortal Kombat para Street Fighter RPG feito por Eric Musashi da Shotokan RPG e expandida/ajustada (principalmente storylines) por Fernando Jr.